Цепь Японских островов слагается из двух островных дуг. Северную дугу составляют четыре крупных острова: Хоккайдо, Хонсю (Хондо), Кюсю и Сикоку, а также множество мелких островков. Южная Рюкюйская дуга включает только мелкие острова. Со стороны Тихого океана Японские острова сопровождаются глубоководными ложбинами, со стороны материка шельфовыми морями. Выпуклой стороной дуги обращены к океану. Между дугами и материком расположены морские бассейны: Восточно-Китайское, Японское, Охотское и вне Японских островов Берингово море. От центральной части острова Хонсю ответвляется дуга островов �дзуситито-Бонин, уходящая далеко в Тихий океан. Процесс отделения островов от материка начался с середины третичного времени, во время заложения и углубления окраинных морей Восточной Азии. Следующим этапом было обособление системы островных дуг, а затем окончательное отделение островов. Наряду с Меридиональными, имели место и широтные прогибы, и сбросовые дислокации. Степень погружения материковой суши под уровень моря различна. Японское море в целом более глубокое (есть глубины, превышающие 4200 м), нежели Желтое и Восточно-Китайское моря, где преобладают глубины менее 100 м, особенно в западной части. Острова пережили не менее четырех этапов складкообразования. �з них герцинские движения были очень энергичными и являются основными в создании островных ядерных структур, которые в течение повторных этапов складчатости подвергались раздроблению и перемещению на различную высоту. В результате многократных складчатых и сбросовых дислокаций была создана сложная тектоническая основа островов, отражающаяся в их рельефе. Современная тектоническая активность, как известно, помимо частых и разрушительных землетрясений и вулканизма, проявляется в сводовых поднятиях отдельных зон. Последние хорошо фиксируются на побережье: береговая линия отличается резкостью очертаний по линиям молодых сбросов. Морские террасы перемещены на разные уровни; одни из них находятся под уровнем моря, другие подняты на десятки и сотни метров над ним. Наиболее сейсмичными районами являются берега внутреннего Японского моря и вся внешняя сторона, обращенная к Тихому океану, тогда как вулканизм наиболее активен на внутренней, западной стороне. Небольшие землетрясения совершаются в Японии почти ежедневно, сильные по одному два в год, а очень сильные (такие, как токийское землетрясение 1923 г., принесшее колоссальные разрушения району Токио и гибель 100 тысячам человек) один раз в десятилетия. Нередко катастрофическими для Японии бывают и моретрясения, если их эпицентры находятся вблизи побережья.

С моретрясениями связаны возникающие при этом огромные волны (цунами), нередко разрушительные для широкой береговой полосы. На Японских островах насчитывается более 150 вулканов, в том числе 40 действующих и среди них самый высокий вулкан Японии Фудзияма (3776 м). Вулканы располагаются на линиях продольных и поперечных разломов, а особенно в местах их пересечения. Наиболее известным из таких разломов является Большой ров (), или грабен Фудзи, поперек пересекающий остров Хонсю. Эта активная тектоническая линия продолжается далеко в Тихий океан в островных группах �дзуситито-Бонин-Волкано. Различная форма и высота вулканов связана с характером их деятельности, типом извержения, возрастом и с той складчатой основой, на которую они насажены . В целом рельеф Японских островов представляется дробно расчлененным и размытым. Трудно наблюдать преобладание какого-нибудь типа рельефа на значительных площадях. Здесь и там мозаично сочетаются низкие и средневысотные горы, очень размытые, со следами пенепленизации. Предполагается, что мезозойский пенеплен центральной и южной частей острова Хонсю был в значительной степени деформирован. Помимо вертикальных перемещений и эрозионного размыва, древние пенепленизированные поверхности на Японских островах испытали также длительное латеритное выветривание и денудацию в субтропических условиях. Дифференцированные перемещения по вертикали определили мозаичное сочетание горно-глыбового и горно-котловинного рельефа, чередующегося с небольшими лавовыми плато. Горы имеют крутые склоны, особенно в поперечных долинах. Наибольшими абсолютными и относительными высотами обладают Японские Альпы горный район в центре острова Хонсю. Глубокие долины рек расчленяют его на три резко обособленных высоких меридиональных гряды. Наиболее высокие вершины несут следы четвертичного оледенения. Да и теперь на иззубренных вершинах снег сохраняется в течение многих месяцев. Пики, ледниковые цирки, острые ребра на крутых склонах придают этой горной стране альпийский облик. Ущелья врезаны на глубины до 2 и более тысяч метров. По ним радиально растекаются реки в сторону береговых низменностей. Благодаря своей многоводности, особенно в летний период, реки имеют большое значение для поливного земледелия густонаселенных низменностей. Самая крупная из равнин Канто простирается к северу от Токийского залива и лежит на двух уровнях: нижняя, приморская часть, лишь на несколько метров возвышается над уровнем моря, верхняя, предгорная, лежит на высоте 150-200 м. Поверхность равнины расчленена многочисленными оврагами и речными долинами, но бросовых земель нет: все распахано и возделано.